De aanvraag voor de 30%-regeling moet binnen 4 maanden na indiensttreding bij de werkgever, bij de Belastingdienst worden ingediend. Na toekenning mag de loonadministratie van de werkgever de 30%-regeling met terugwerkende kracht verwerken tot de toekenningsdatum die staat vermeld op de beschikkingsbrief van de Belastingdienst.
Indien de aanvraag voor de 30%-regeling niet binnen 4 maanden na de ingangsdatum van het dienstverband wordt ingediend, kan de 30%-regeling niet met terugwerkende kracht worden verwerkt en gaat deze pas in vanaf de eerste van de maand volgend op de datum van indiening van de aanvraag voor de 30%-regeling. Dus als de aanvraag (te laat) op 26 juni wordt ingediend, is de ingangsdatum bij toekenning 1 juli. Verder wordt de looptijd van de 30%-regeling verkort met de periode tussen de ingangsdatum van het dienstverband in Nederland en de startdatum van de 30%-regeling door de Belastingdienst.